徐謇到悬瓠，“诊省下治，果有大验”，孝文帝病情颇有好转。不过，八月和九月的大部分时间就这样过去了。孝文帝身体虚弱，又关切洛阳宫的大事，哪有心情继续作战？于是九月己亥（498年10月21日）“帝以萧鸾死，礼不伐丧，乃诏反旆”。七天后，“车驾发悬瓠”，大军北行。据《南齐书》，齐明帝萧鸾之死在七月己酉（七月三十日，498年9月1日）。孝文帝却要过了五十天才说“礼不伐丧”，因为这些天里他自己病重缠绵。待身体稍好可以行动了，孝文帝立即借口“礼不伐丧”班师北归。
孝文帝为义阳战役兴师动众，除了从沔北战场带来的数十万禁军精锐（主力），还从各地额外征发了二十万人（壮声势的炮灰），如此阵仗，要是说解散就解散，似乎也不好交代。恰好，被征发前来悬瓠的高车部落兵厌战避役，在袁纥（韦纥，即唐代的回纥、回鹘）部落酋长树者带领下北逃，惊动了北魏的故都朔州、恒州等地。这时坐镇平城的是江阳王元继，他上表孝文帝称：“高车顽党，不识威宪，轻相合集，背役逃归。计其凶戾，事合穷极，若悉追戮，恐遂扰乱。”所谓高车反叛，其实只是逃避兵役，不值得紧张。不过这给了孝文帝一个好机会，使他从悬瓠撤退时有了把大军继续聚在一起的借口——“北伐叛虏”。事实上，孝文帝从来就是打着南征、北伐或巡视的旗号，把最重要的军力聚在自己身边。也许在诸般不确定的时刻，只有这样才能给他带来安全感。
既然“北伐叛虏”，孝文帝的行军路线自然是从悬瓠一直向北。然而这次行军拖沓缓慢，一点也没有“北伐”的气象。九月丙午（498年10月28日）离开悬瓠，十一月辛巳（498年12月2日）抵达邺城，区区九百里，竟走了三十五天。在此期间，孝文帝一直卧病，大概是军行迟缓的原因之一。不过更主要的原因是孝文帝需要消磨时间。他无意北伐，同时又不打算立即回洛阳，因为回到洛阳时他必须拿出解决方案，而下决心显然是非常不容易的。正是因此，在邺城，孝文帝继续磨蹭，既不北进，又不解严，数十万大军就这样聚集在邺城内外。
在邺城耗了一个月，收到江阳王元继从平城发来的报告，说叛乱的高车已经平定。再没有理由耗下去了，于是十二月甲寅（499年1月4日），孝文帝“乃诏班师”，正式取消北伐，大概来自各州郡的军队都可以遣散了。可是，孝文帝仍然不急着回洛阳，而是在邺城又住了整整一个月。可以肯定的是，孝文帝仍在病中，身体远未康复（事实上他一直没有康复，直到去世），而且，他一直忙于洛阳宫内外的人事安排，不过，犹豫和难下决心恐怕才是他久驻邺城的主因。
至少，孝文帝不愿意回到洛阳去迎接新年。太和二十三年的新年正旦（499年1月28日），他在邺城与群臣共庆新年，以病愈为由赐群臣“大飨于澄鸾殿”。初五这一天（499年2月1日），孝文帝还从容地“幸西门豹祠，遂历漳水而还”。偏偏在这时，来自沔北前线的报告说，萧齐大将陈显达兵至襄阳，即将发起夺回沔北五郡的战事。如果不是因为这条战报，孝文帝不知还会在邺城耗到何时。攻取沔北是他一生最大的军事胜利，这一历史荣耀不容有失。于是孝文帝突然加快了节奏，正月乙酉（499年2月4日）离开邺城，戊戌（499年2月17日）回到洛阳，十三天走了差不多七百里。
大冯早就察觉到皇帝对自己起了疑心，特别是皇帝滞留邺城时，她的不安和忧惧达到一个高峰。《魏书·皇后传》：“高祖自豫州北幸邺，后虑还见治检，弥怀危怖，骤令阉人托参起居，皆赐之衣裳，殷勤托寄，勿使漏泄。”大冯派出一批又一批宦官前往邺城探望皇帝，她结好这些宦官，指望他们不说自己的坏话。而且，她还派自己亲信宦官双蒙去探测皇帝的态度：“亦令双蒙充行，省其信不。”对这些负有多重使命的洛阳宫来使，大概孝文帝都予以接见，言语之间不免虚虚实实、彼此试探。大冯委派的这些宦官不辱使命，都不肯说大冯的坏话（即使皇帝在那里暗示并引导），只有一个例外：“然惟小黄门苏兴寿密陈委曲，高祖问其本末，敕以勿泄。”从孝文帝对苏兴寿“敕以勿泄”来看，孝文帝的调查一直是秘密进行的。
受沔北战事影响，孝文帝在洛阳只停留了一个半月。这一个半月当然要处理许多政务，以及主持或出席许多重要仪典，这些事都是公开举行的，会被记录下来。当然，最重要的事却绝对不会公开，甚至也不大可能被记录（史书所记往往得自参与者事后的回忆或社会上的传闻，不一定可靠），那就是清算大冯的罪过，并给出明确的“判决”。《魏书·皇后传》：“至洛，执问菩萨、双蒙等六人，迭相证举，具得情状。”最后的时刻到来了（具体日期已不可考），这是自前年秋天送别之后，大冯第一次也是最后一次见到皇帝。仍在病中的孝文帝，躺在含温室的病床上，被执的高菩萨等六人立于门外，室内外戒备森严，然后叫皇后进来。《北史·后妃传》：“后临入，令搜衣中，称有寸刃便斩。”《魏书·皇后传》：“后临入，令阉人搜衣中，稍有寸刃便斩。”文字虽小有不同，孝文帝的紧张与恐惧却一样弥漫于字里行间。这种紧张与恐惧，是孝文帝二十三四岁之前的日常，现在又回来了。
显然大冯没有携带任何武器，所以被准许入内，但孝文帝仍对她极为戒备，让她坐在远离自己的地方：“后顿首泣谢，乃赐坐东楹，去御筵二丈余。”接下来，孝文帝让门外的高菩萨等把先已招供的罪状再说一遍，然后斥责大冯。《北史·后妃传》记孝文帝的话：“汝有妖术，可具言之。”《魏书·皇后传》则记为：“汝母有妖术，可具言之。”大冯是什么反应呢？她要求旁人都退出，说有机密的话要跟皇帝说（“后乞屏左右，有所密启”）。皇帝命贴身侍卫都退出，只留下宦官中地位最高的大长秋卿白整，白整“取卫直刀柱之”，就是拿了一把卫士用的长柄大刀，杵着刀立在一旁。大冯见白整在，仍不肯说话。孝文帝用细布塞住白整的耳朵，还低声叫白整的名字，叫了三次，白整都没反应，说明他真是听不见了。于是大冯说了一番话，当然，“事隐，人莫知之”。
这一番神秘的谈话之后，孝文帝让他的两个弟弟彭城王元勰和北海王元详进来。二人是孝文帝最信任也最有能力的两个亲王：前者一直随侍孝文帝，协助处理军国大务，在孝文帝病重时更是日夜不离病榻；后者留守洛阳，被孝文帝召至悬瓠、委付机密后再返回洛阳，可以说是孝文帝在洛阳的代理人。不过他们两个都知道后宫深险，所以“固辞”，不敢进含温室。孝文帝对他们说：“昔是汝嫂，今便他人，但入勿避。”两人一进来，孝文帝就说：“此老妪乃欲白刃插我肋上！可穷问本末，勿有所难。”在两个弟弟面前（以及可以想象的更多人面前），孝文帝的羞愧和他的愤怒几乎是一样强烈，或更加强烈。《魏书·皇后传》：“高祖深自引过，致愧二王。”
最终怎么处理呢？孝文帝先确定一个原则：“冯家女不能复相废逐。”小冯被废，孝文帝已自觉有损清德，一之谓甚，其可再乎？哪怕只为自己的名誉计，也不能再废一个皇后了。更何况还涉及前太子元恂的诸般冤情，张扬开去有害无益。孝文帝对两个弟弟说：“且使在宫中空坐，有心乃能自死，汝等勿谓吾犹有情也。”名义上不作任何处理，实际上已视为囚徒，仅在表面上保留她的皇后排场。史书这样解释孝文帝何以不废大冯：“高祖素至孝，犹以文明太后故，未便行废。”把孝文帝从宽处理的原因归之于他对冯太后的“至孝”，怕是只见其表未见其里。我的理解，孝文帝对冯太后及其家族，恐惧多于感念，循礼多于真情。不废大冯，与其说孝文帝对冯太后仍存孝心，不如说他碍于清议，自惜羽毛。