军事建设方面，孙灵认为水军是江东立身之本。她向孙策进言：“我江东子弟自幼熟习水性，当以水军为根基。”

为此，她亲自走访各地，招揽了二十余名造船名师，日夜钻研战船改良。孙策采纳其建议，并任命孙权全权负责水军建设。

在视察船坞时，孙灵看着工匠们正在打造的楼船，想起诸葛亮曾展示过的精巧机关。若是他在，或许真能造出这个时代的航母……

孙策在吴郡站稳脚跟后，继续率军向江东其余五郡进发。由于孙家军威名远扬，加之孙策采取招抚为主的策略，各地守军大多望风归降。

短短数月间，孙策兵不血刃地收复了会稽、丹阳、豫章、庐陵、庐江五郡，将袁术任命的太守尽数驱逐。

至建安元年（196年），孙策已完全统一江东六郡，正式与袁术决裂。孙策亲领会稽太守，直接控制江东最富庶的郡，郡治设在山阴县（今浙江绍兴）。

孙策统一六郡后，由曹操控制下的朝廷封孙策为讨逆大将军，爵位吴侯。

孙策以此在山阴县建立吴侯府，政治军事中心建在会稽太守符，并任命家族成员和旧部（如朱治、吴景）分任其他五郡太守。

这两年间，孙灵专注于战后重建。她推行的各项政策已在江东全面实施。经过两年的建设，江东的面貌焕然一新。

粮食产量大幅度提升，商船往来于长江运河，港口贸易日渐兴盛，水军力量日益强大，百姓安居乐业。

孙灵的目光早已超越江东一隅。她任命将军方弘率领一支训练有素的水师出海探险，首要目标是寻找并探查夷洲（今台湾）。