可惜清军虽然兵力不少但士气低落，特别是其中的回民将领和士兵，大都不愿同滇西回民叛军打仗，加之遭到回民叛军的顽强抵抗，兵疲粮缺进展缓慢。

回民叛军除在各地坚守外，杜文秀又派出部队袭击清军的后路。清军惊慌失措，李维述败于镇南，杨振鹏溃于宾川，杨先芝、合国安溃于姚州，楚雄、大姚两地的清军先后告急。

杨盛宗、田仲兴等也因粮饷不继，分别从永北、蒙化、威远等地败退。马如龙见败局已定，遂托病由定远撤军逃回省城。杜文秀部回民叛军占领定远、大姚之后进而包围了楚雄。

马如龙进攻滇西及其失败，是一个重要的事件，它对杜文秀的影响极大。在此之前，杜文秀虽然拒绝了官府的诱降，但对马德新、马如龙等的叛徒嘴脸缺乏应有的认识，由于民族和宗教等方面的原因，与他们撕不破脸皮，反而与之达成暗中协议，以楚雄、镇南东西分界，“各守疆界，各行其是”，“不相侵犯，仍通互市”。

为恪守协议，杜文秀主张首先巩固滇西，必要时向川、黔发展，以避免与马德新、马如龙发生冲突。尽管由于太平天国起事失败，云贵总督劳崇光力主“进剿”，清军对大理政权的威胁越来越大，杜文秀仍然不准备向东发展。

迨至马如龙进攻滇西首先毁约，杜文秀才感到如果仍遵前约，无异于作茧自缚，加上这时朝廷在云南的力量比较薄弱，新任云南巡抚刘岳昭所率湘军尚在贵州，布政使岑毓英率所部清军赴贵州镇压猪拱箐、海马姑苗民起事未归，仅马如龙率一万五千残兵败将龟缩省城。

因此，杜文秀提议趁机东征昆明，并为绝大多数叛军将领所接受。

为大举东征，杜文秀发布了《帅府布告》、《誓师文》、《兴师檄文》等公告。

在《誓师文》中说：“此次出师，本为兴汉，戒勿滥杀。如临其境，如遇其民，各当发明宗旨。但得汉回一心，以雪国耻，是为至要。”“战胜攻取之际，毋肆掳掠，毋贪财货，毋凌妇女。遇官吏顽梗不服者，杀之。良善被挟者，抚之。诸恶元凶，法所必诛，严加惩办，理宜不赦。”

同时，回民叛军传檄全省：“滇南一省，回汉夷三教杂处，已千百年矣。出入相友，守望相助，何尝有畛域之分？慨自满清僭位以来，虐我人民二百年余[于］兹矣。”可恶，妖官“置苍生亦[于］不问，弃黎庶

其如遗。甚至汉强则助汉以杀恶，回，回强则助回以杀汉，民不聊生，人心思乱。”

“本帅目击时艰，念关民寞[瘼］，不忍无辜之回为汉所杀，更不忍无辜之汉被回所，伤。爰举义师，以清妖孽。志在救劫救民，心存安回安汉。”

这些文告，控诉和揭露了朝廷肆意制造各民族百姓之间的矛盾，挑起民族仇杀的罪行，进一步阐明了以反清为主要目标的立场，提出了团结回汉各族百姓共同进行斗争的方针政策，同时对叛军规定了严格的群众纪律。这就从政治上打击了朝廷，动员和争取了各族百姓积极参加东征昆明的战争。

打败了马如龙对滇西的进攻并进行必要准备后，杜文秀调集大理、楚雄、丽江、永昌、顺宁、永北、蒙化等地回民叛军十万余人（一说二十余万），由十八大司统率，分兵四路，向云南省城昆明发起大规模的进攻。