因清军屡败新任云贵总督于1860年1月奏请以总兵褚克昌署理云南提督，办理滇西军务。之后褚克昌率兵西上，经禄丰、楚雄，于3月间至镇南州，接任提督职务。他一面分兵进攻杜文秀部占据的姚州、大姚，一面率主力继续西进。

杜文秀眼见清军气势太盛大急忙收缩兵力，主动放弃沙桥（镇南西北）、云南驿（云南县东南）等据点，退守易守难攻的大理县城。褚克昌率军尾追至大理县城下，指挥所部清军进攻县城和弥渡、红岩（弥渡西北）等地。

面对褚克昌部清军的大举进攻，杜文秀一面派人发动滇东、滇南回、汉、彝各族百姓帮忙以牵制清军，一面催调正在进攻缅宁（今临沧）的大都督蔡法春率军回援，同时致书澂江的马德新部，请求派兵支援配合，以切断褚克昌部的后路，行成东西夹击的态势。

……

1858年，滇东、滇南回民武装力量从昆明撤围散归各地之后，当时的云南巡抚即调集清军向回民进攻，回民被迫起而自卫。马德新、马如龙因个人目的没有得到满足，也乘机再次起兵，于是滇东、滇南回民武装力量又得到了发展。

1860年春，马如龙受马德新之命，率部西援杜文秀，4月底与李芳园部会合，共万余人，由南安州直逼楚雄。回民武装联军于5月3日攻克广通，5日在回镫关（广通西南）大败楚雄清军来援人马，击毙清军游击高天泽。

8日，又在小腰站歼灭楚雄清军千余人，击毙千总苏镇东。“楚雄得力将弁，无出高天泽、苏镇东右者，相继败没，兵勇夺气。”5月21日滇东、滇南回民武装包围了楚雄府城。

楚雄清军连败两仗、士气低落的楚雄清军人马无力阻挡回民武装的锐利攻势，楚雄知府杨觐向署理提督褚克昌求救。褚克昌正在进攻弥渡、红岩，无兵可派，只得尽撤镇南大营清兵赴援楚雄。

6月5日，褚克昌率军亲抵楚雄府城，马如龙、李芳园指挥回民武装力量昼夜围攻，于6月11日用地雷轰塌城垣二十余丈攻入城内。城中清军一部投降大部被歼。知府杨觐、副将庆连等被打死，褚克昌见机得快逃往镇南。

回民武装联军攻占楚雄，不但切断了楚雄清军的后路，而且由于清军官兵的父母妻子多寓居楚

雄，以致前线军心瓦解无意作战。尽管褚克昌部将杨有才、张玉柱所部清军攻占了弥渡和红岩，却无法摆脱这种不利的困境。

而此时滇西回民武装又从西面发动了强大的攻势，使清军腹背受敌更形狼狈。大理回军大都督蔡法春于1860年4月底攻陷缅宁后，即率领云州、顺宁、蒙化、缅宁回民武装二万余东下，杨德明等也率大理、蒙化回民武装八千余人，在云南县与之会合联合向弥渡、红岩等地进攻。

双方连日交战清军伤亡惨重，褚克昌得力将领张福保、杨有才、陈开榜、王有才等被打死。褚克昌慌忙从镇南回到云南县大营指挥作战，仍无法挽回败局。最后清军因粮尽兵溃，游击张玉柱、守备孙占魁率部投降大理政权，红岩、弥渡先后失守再次落入回民武装手中。