清军被打了个措手不及，城内粮源断绝战守无兵，云贵总督恒春无计可施自缢而死；巡抚舒兴阿也“引疾乞假”，藏匿家中。

其时，朝廷正忙于镇压太平天国起义，无力顾及云南，只得调四川总督吴振棫为云贵总督，带川兵二千名赴任。

吴振棫慑于回民起义军的声威，一面奏请朝廷将“主剿”回民的团练大臣黃琮、窦垿革职，以麻痹回民的反抗意志，一面召请在外省任职的云南籍回族官员回滇，以拉拢和收买回民起义军首领。

滇东、滇南起义军的主要领导人马德新和马如龙都是回族上层人物（马德新是云南回民的总掌教，马如龙则是出身于官宦之家的清朝武生），他们公开声明，起兵“止欲报仇，不敢为逆”，只要当局惩办“倡首灭回者，以服众心，即行解散”。

由于他们根本没有触动满清在云南的统治决心，因此在云贵总督衙门的利诱之下于1858年春与官方订约，承诺“永不滋事”，并将围攻省城的回民起义军撤离散归各地，滇东、滇南起义军第一次围攻省城遂告结束。

而当滇南、滇东回民起义军由于马德新、马如龙等人的妥协遭受挫折的时候，滇西回民起义军却在首领杜文秀的领导下，不断地发展壮大。

杜文秀（1828—1872）字云焕，号百香，云南永昌府保山县金鸡村人，回族。

1845年（道光二十五年），永昌府汉族地主团练组织“香把会”，在官府的支持和纵容下，大肆残杀回民。杜文秀以家属被杀，未婚妻被掳，于1847年上京控诉，但冤仇终不能伸。

失望之余，他逐渐认清了朝廷的真实面目，激发起反抗朝廷和地方官府压迫的想法。回到云南之后，便在云州（今云县）、蒙化等地暗中组织回民，酝酿大规模武装起义。

1856年8月，杜文秀乘云南提督文祥率兵离大理赴楚雄的有利时机，在蒙化率众发起武装起义。

9月7日杜万荣、蓝金喜在大理府城揭杆起义，杜文秀闻讯，立即率手下回民为主的起义军前往大理，与当地回民会合大败清军，毙迤西道林廷禧、太和（今大理）知县毛玉成等。9月16日大理知府唐惇培败逃宾川（今宾川南），回民起义军胜利占领大理城。

夺据大理的胜利，使一部分起义军首领昏昏然，他们不去组织力量防御清军的进攻，却自恃有功争权夺利。有的起义军首领抱有传统的民族偏见，任令部众抢掠汉人，引起大理群众十分不满。

这时，杜文秀挺身而出，组织指挥部众击退了鹤丽镇千总张正泰对大理的进攻，并且明确提出：“欲做大事，必须收拾人心，不宜专尚威力。且汉众回寡，尤须重用汉人。”