1865年6月18日，曾国藩怀着忐忑不安的心情，拖着老病之躯，由南京登州率裁军以后剩的六营湘军和李鸿章的淮勇两万多人北上。

9月23日，曾国藩部抵达徐州前线。

在对付捻军的问题上，曾国藩吸取了僧格林沁穷追不舍导致覆亡的教训。他针对捻军以骑兵为主，长于流动作战和游击战，行动迅速的特点，提出了“重镇设防”，“布置河防”。并结合“查圩”的政策。

重镇设防，就是以重兵把守安徽临淮、山东济宁、河南周家口、江苏徐州四个重镇，并在捻军经常出没的蒙城、亳州等地驻扎少量兵力对其进行阻击。这样，捻军每到一处，各镇驻兵就可以迎头击之，清军能以逸待劳打捻军个措手不及。

布置河防，就是东以运河为防线，西以沙河，贾鲁河为防线，由曾国藩派水师与淮军会防。曾国藩企图用这个方法，阻止捻军进入山东、河南西部，在运河与沙河之间的地区将捻军消灭。

但由于捻军东奔西至，飘忽不定，曾国藩在与捻军的交锋中发现自己只将兵力驻在几处截击很难奏效，于是又出新招，只留一部分作战能力不强的军队驻守各镇，其他战斗力强的军队大多数为游击师，对捻进行拦截和追击。

这样，又将重镇防守和拦截追击结合起来，不让捻军有从容歇脚之地。

与此同时，曾国藩结合“查圩”，“查圩”就是以清查户口来切断捻军同老百姓的联系，肃清潜在的匪患力量，使之不能在老百姓中立足，从老百姓那里得到补给，这是曾国藩搬用他在湖南办团练时的老方法。

曾国藩规定，老百姓见到捻军到来必须坚壁清野，断绝供应给他们粮食。而在湘军、淮军到来时，则要源源不断地把粮食等物品供应上来。对于那些参加捻军或与捻军有联系的，注入“莠民册”，情节严重的不仅要杀头，还要连坐，即一人犯罪，牵连好几家。

对于那些从来没有和捻军有过联系的注入“良民册”，用这种办法，这行径真有后世鬼子的风范。

同时曾国藩严令各地查圩的人以“通贼”的罪名，多抓人多杀人，多多益善。

可尽管曾国藩绞尽脑汁，制定出来这样一条自以为十全十美的战略方针，但他所率领的湘军、淮军在战场上还是节节失利，根本无法阻挡捻军神出鬼没的攻势。不久之后赖文光与张宗禹部在河南中牟会师

，将曾国藩苦心经营近一年的千里河防摧毁，曾国藩剿捻宣告失败。

恰在此时，曾国藩的政敌们正好以此为借口，对他大加攻击。朝廷见他连战无功，也连连降旨严加斥责。曾国藩忧愤成疾上疏请求辞职。