8月17日，东路起义军猛扑距东门五里的保厘炮台。清军同样以部分兵力从正面迎战，以部分兵力从“旁径绕出，夺据要隘”，前后夹击，将起义军击退。

8月29日，起义军十余万人从东、北两个方向同时发起进攻，亦未获胜。

9月2日，北路起义军又兵分两路出击：一路由三家店至飞鹅岭进攻白云庵，一路向三元里方向进攻。

结果，进攻白云庵的起义军遭到两路清军的截击，前进受阻；向三元里方向进攻的起义军进至流化桥时，遭到永，康、耆定、保极、拱极和越秀山各炮台清军的炮击，也只好再次后撤。

天地会起义军在连续攻城作战中既不能正确估量主客观条件，又不讲求战术，一味盲目硬攻，忽视侧翼保障，结果，不但没有攻占一座炮台、一个据点，反使自己遭到不小的伤亡，进攻能力日益减弱，给尔后作战带来了很不利的影响。

广州清军虽然击败了天地会起义军的多次进攻，但叶名琛仍感兵力不足，顾此失彼，“攻剿则兵分而见寡，堵守则路歧而难防，策应维艰，战守非易”，决定采取集中兵力“专注一处，先行扫荡”，然后并力进攻他路的作战方针。

清军的第一个进攻目标是东路起义军。其部署如下：参将卫佐邦率所部绿营及部分团练为中路，出东门直攻燕塘；千总马超亮率城东团练乘船至东涌登岸，先占簸箕村，然后从右侧进攻燕塘；把总黄镛和县丞郑锡琦分率东莞、潮州兵勇从左侧进攻燕塘；外委赖永清率安邑团练为后应。

各路清军于9月7日晨突然向燕塘发起攻击，天地会起义军仓促应战，力不能支，只好突围外撤。一部分由陈显良率领从瘦狗岭撤至新造，另一部分撤至佛岭市。清军攻占燕塘后，将所有草房百余间全部烧毁，实行残酷的烧杀政策。

天地会东路起义军战败后，李文茂北路起义军失去了左翼屏障，便由进攻转入防御，并采取如下防御措施：加强各据点间的联系，主动配合作战；在主要据点周围挖壕筑垒，配置火炮、抬枪，在山坡、田埂、交通要道插上竹签，撒布蒺藜；在有树林的山坡上暗设火炮，布置伏击阵地。

叶名琛在取得东路作战胜利后，即集中东、北两个方向的部队，进攻北路。鉴于北路起义军数量多，据点密布，他决定采取“先分其势，复截其援”，“逐一剿洗”的方

针，即首先围攻靠近省城的几个较小的据点，然后进攻主要据点。

9月22日至10月1日，清军先后攻占了棠夏、沙涌、三家店、瑶台等起义军据点。10月11日，清军向义勇祠进攻时，突遭分散在附近各乡的起义军截击，被迫后撤。

为此，叶名深决定首先分路“清剿”东北、西北各乡小股起义军。至10月21日，十三乡的起义军均被击溃。

这时，北路起义军尚有佛岭市、萧冈、龙潭观、牛栏冈等重要据点，彼此呼应，互为犄角。迨至11月3日，上述据点也逐一被清军攻占，起义军伤亡重大，余部退向石井、石门等处。