升级为军舰规模的“深海鱼”号, 船体共有五层。

以甲板平层为分界, 上下各两层。

甲板平层层高最高，约4米,主要是功能区,锚舱、厨房、储物间、卫生间、淋浴间及大空仓等和三级避难船差不多,只是空间更大,布局更宽敞。比如新的大空仓就有两个篮球场那么大。

甲板平层以下的两层是船员休息舱，两层布局完全一致, 每层多达18个房间，每个房间一左一右分布在走廊的两侧，各9个。房间内依然是两架上下床，四个床位，整个甲板下休息舱共有144个床位。

走廊顶部安装有通风管道，一头是楼梯，另一头则是船尾的卫生间和渔具间。

推开走廊尽头的水密门，就是船尾的作业平台，可以在这里钓鱼、下网，如果要潜水，也可以从这里开始下潜。作业平台空间足够宽敞，并排停两艘小艇也没问题。

甲板平层以上还有两层，第一层是核心船员的休息舱以及另一个大储物间，休息舱共六个房间，里面不再是上下床，而是一张大床，房间面积比下船舱的舱室更宽敞，每个房间能睡2-3人。

船长室依然和驾驶舱紧密相连，位于整艘船的最高层。水箱设在船长室的后方，原理和水塔类似，确保水压足够。

避难船升级后，原来摆放的物品出现在对应的位置上，只不过都需要重新整理，比如储物间的物资需要重新分类放置在更多更大的储物柜中，再比如甲板上的货架和塑料收纳箱也都乱掉了。新的甲板更大，另外50支未开封的货架零件也可以组装起来铺土种菜了。

周宁从三楼船长室下去后，给大家重新安排了房间，随即组织大家收拾整理避难船上的设备设施。

船体顶部的太阳能光伏板和风力发电机需要重新组装，中央空调在各个舱室的出风口、工业电源的并联以及整艘船的电力设备和供电系统都需要重新串联并保证稳定运行。