就在郑成功苦攻漳州不下的那半年（1652），台湾爆发“郭怀一起义”，荷兰的文献称之为“怀一之乱”。

郭怀一曾是颜思齐麾下的干部，颜首领死后，他不愿屈居郑芝龙之下，便留在了台湾，团结当地民众，组建属于自己的势力。他不愿给郑芝龙效力，更无法忍受“红毛”的统治。

作为台湾当地的汉人豪强，郭坏一与荷兰东印度公司来往频繁，互有招待。某日，他在自家招待的宴席上忽然发难，当场刺杀了数名荷兰人，计划趁势夺取荷兰人的据点热兰遮城。然而他的弟弟贪生怕死，苦劝兄长停手不成，竟向荷兰东印度公司告了密。

得知此突发状况，郭怀一不得不提前计划，率众攻入赤嵌城。由于己方仓促进攻，敌方早有戒备，这次起义以惨败告终，相关人等全部被杀。

郭怀一本就和郑家有嫌隙，此次起义又正巧撞上郑军围攻漳州，双方没能做到里应外合，不可谓不遗憾。荷兰的台湾总督费尔堡至此有了警觉，他提醒巴达维亚总部：国姓爷若在大陆受挫，必会觊觎台湾！

在郑家还没有对台湾表现出兴趣的时候，就能预测到这点，可见这费尔堡着实有远见。然而费尔堡很快便被调回了总部任职，卡萨接任总督。后本部又有调令，派揆一接任第十二任台湾总督。此人的登场，左右了郑成功乃至郑家集团的命运。

自厦门战败，至出征北伐，这七年里，郑家厉兵秣马、韬光养晦，就算有针对大陆的军事行动，也不过是点到即止的利益之争。

郑成功心怀北伐大志，他这七年里无时不刻不在鞭策自己，片刻不敢懈怠。

首先，郑军的军纪十分严酷。所谓军纪之下无亲疏，这一点从郑成功在厦门战败后处决郑芝莞这件事上便可看出。

其次是巩固统帅权威，若有人胆敢冒犯权威，哪怕此人功勋卓著，同样无法轻饶。郑家水师的“缔造者”施琅险些被杀，后开始逃亡，但家里人惨遭株，这个下场比一万条明文军纪更具震慑力。

再次是宣扬北伐之大义。北伐求大义而不求利益，故而郑成功狠心处决了带着清军将领前来投诚的勤务兵。这份对大义的坚定也深深烙印在了士卒们的心中。

郑军在这七年里的军事行动有胜有败，若败因是战略失误，主将则被问责处斩。1656年正月，郑军苏茂、黄梧于揭阳对战清朝的平南王尚可喜，大败而归。郑成功便狠心以用兵不慎的罪名处决了苏茂。

其实，苏茂还有一项罪名众人皆知，但无人敢点破，那便是他藏匿施琅，并助其逃亡。郑成功早就得知此事，只是苦于没有机会算账。

然而此举却将黄梧吓得投降了清军。黄梧本是郑芝龙旧部，先前已投降过一次清军，后回归郑成功麾下，而今又再次投清。