不久，波風水門和玖辛奈孕育出愛情的結晶漩渦鳴人，而神秘人卻趁機劫走瞭玖辛奈並打開封印放出瞭九尾。為瞭阻止他，水門決定讓鳴人成為九尾人柱力。

在對鳴人留下最後的遺言後，水門和玖辛奈便雙雙去世。

……

大蛇丸得到木葉高層的資助，試圖培養出木遁的使用者，然而卻損耗巨大且不斷失敗，因此這番嘗試被立即終止。

大蛇丸卻依舊暗中進行著已經被終止的柱間細胞移植試驗，因為其他的實驗暴露，令三代火影及暗部留意到他的古怪行為，所以大蛇丸最後離開瞭木葉。

但團藏卻沒有放棄，他不達目的不罷休，偷偷從周邊村落綁架嬰兒私自進行試驗，在殘忍的代價下，居然真的有一例成功瞭，團藏培養出瞭除柱間外另一個能夠使用木遁的忍者大和。

猿飛日斬發現這名木遁忍者的時候，他一反常態，對志村團藏決心斬草除根，率領暗部將團藏的根據地裡三層外三層的圍起來，並且把他關押進大牢之中，讓他終日待在黑暗無光之下。

在大蛇丸叛離木葉的時候，自來也曾追上去挽留大蛇丸，但還是無法改變大蛇丸離開木葉的決定，因此多年來自來也都暗中追查大蛇丸的行蹤。

……

等到綱手步入中年，她帶著加藤斷的侄女靜音一起踏上收集情報的旅程。

因為是奔著放松去的，一路上綱手完全放開自我，又是賭博又是喝酒，在各國都出瞭名，遠在木葉的加藤斷聽到這個消息簡直哭笑不得。

而大蛇丸終日沉浸於研究之中，為瞭得到實驗材料，不僅與其他大國暗中勾結，更是建立瞭自己的忍者村——音忍者村。

由於他用完就扔的惡劣態度，遭到許多高層的暗殺，想要完全奪取他的長生不老研究成果，大蛇丸一直隱藏得好，直到一次外出尋找研究器材時，被高層雇傭的窮兇極惡之人以性命所傷，他的雙手也被針對性封印。