在第一次土伦围攻战失利之后，军团司令官卡尔托将军便无心指挥部队。为了自己的项上人头不丢失于断头台，画家将军正忙着向远在巴黎的救国委员会进行解释，推脱与减轻自己的战败责任。庆幸的是，这位卡尔托与雅克·大卫（治安委员会委员）的关系非常好，而画家大卫又属于罗伯斯庇尔身边的铁杆亲信。

等到数周之后，救国委员会也仅仅让特派员巴拉斯严厉训斥了画家将军的无能，随即将其调任到旺代地区任职。至于已经由“地中海军团”更名为“土伦军团”的新任司令官人选，巴黎方面委派了一位胖嘟嘟的牙医（多佩将军）担当。

从就任之初到1月中下旬的这5周时间里，拿破仑中校着手重整土伦军团的炮兵部队。他首先开办了一个炮兵（行军）学校，亲自与马尔蒙中尉，还有经验丰富的炮兵士官教导新炮手，让菜鸟们学习如何使用发射表来计算火炮的打击距离，如何保养与运输火炮，构筑炮兵阵地并加以隐蔽，如何高效率的发射火炮。

另外，拿破仑写信给哥哥约瑟夫，从而借助了萨利切蒂特派员的影响力，搞到了一份征调令，并派出朱诺上尉分别前往里昂、布里昂松和格勒诺布尔，去搜集一切可能对自己有用的炮兵专用军械器材。

此外，拿破仑还指派缪拉中尉前往北意大利军团，拜会对自己有好感的迪戈米埃老将军，希望后者能提供一批部署于昂蒂布和尼斯的24磅重炮。那是该军团主要应对东面的撒丁与奥地利联军地面部队，无需太多的大口径攻城炮。

最后，拿破仑在军团驻地勒博塞建立了一个火炮修理厂和一个弹药制造厂。他再度借助巴黎特派员的征召令，从尼斯直到瓦朗斯和蒙彼利埃一带征用了大量马匹和木匠、铁匠师傅，安排马赛的手工业主每天生产五千个筑城柳条筐。

此时此刻，这位炮兵中校所扮演的角色，不再仅限于一个简单的战场指挥官，而是一场军事行动的事前策划人与事中组织者。从回归军营的那一刻开始，拿破仑总是和他的部下在一起，他用自己的工作热情鼓舞着士兵重塑勇气。

由于围攻土伦的部队中没有一个搞工程的专业工兵军官，拿破仑既要担任炮兵指挥官，又要担任工程处长、辎重库房主任。他白天在各地城镇与军团司令部里忙于军需等事务，晚上就待在炮垒上与士兵们一起过夜。

2月初，已正式接替卡尔托将军担任土伦军团最高指挥官的多佩将军，他在写给救国委员会的报告中称：“我发现这位波拿巴中校总是坚守在自己的工作岗位上；当需要他时，他就裹着大氅，一连好几天睡在地上，从未离开过炮群。”

由于拿破仑的努力，在不到六星期的时间里，土伦军团得到了一百门大口径的大炮，其中三分之一为远射程攻城臼炮，以及发射二十四和三十六磅炮弹的大炮；接受严格训练的炮手基本能熟练的掌握发射要领，炮长能依照发射表，现场的环境（风速、高度等）计算填弹量，调整炮口角度；而军工厂与维修工厂的存在，使得原本奇缺的炮弹供应重新变得充足起来，火炮故障率大大降低。