在里昂与马赛一带积极组织反对山岳派暴动的巴巴鲁和雷柏基，在亲眼目睹反革命的保王党份子堂而皇之窃取了南方独立省份的军政大权后感到异常绝望。心灰意冷的巴巴鲁决定隐居，而他在吉伦特派的忠诚战友，雷柏基最终选择在马赛港跳海自杀了。

在留给世人的遗言中，那个曾于1792年组织过马赛义勇军拯救巴黎壮举的爱国者雷柏基不无悲哀的写道：“我们只想给法兰西祖国疗伤，但却让她受到了最致命的伤害……如果我的死能减轻她的痛苦，我愿意再死去1百次。”

正当安德鲁坐镇东普鲁士与柯尼斯堡，指挥20万法波联军与10万俄国干涉军举行会战时，保王党叛军已经把西部旺代的翁热，中部的里昂，以及南方的马赛变成反对巴黎政权、反对雅各宾派的3个反革命中心。

再经历了大革命无秩序混乱之后，作为法国工业中心的里昂非常留恋旧秩序的，那里的丝绸厂、金银刺绣厂、奢侈品贸易，都使它依附于旧时的贵族，以及城市富有阶层。因此，大部分的里昂市民很不喜欢那种胡乱打破旧关系、贬低贵族和教士的地位、破坏工厂的一系列社会变革。

去年8月之后，马拉的一位狂热追随者，夏利埃在里昂国民自卫军和外迁长裤汉的支持下，成功掌握了法国第二大城市的政权。而等到吉伦特派在巴黎失败的消息传来时，里昂的革命市长便迫不及待的要逮捕吉伦特派份子与该党的同情者。那是吉伦特派的领袖罗兰曾在里昂生活工作了多年。

显然，教士出身的夏利埃忘记了自己身处并非巴黎，而是远离革命中心的里昂。尽管长裤汉市长在市政厅拥有自己的权力，然而吉伦特派的簇拥者在卢瓦尔省和城市各区的势力更大，再加之保王党贵族与教士们煽动，效忠巴黎的革命派处于绝对的劣势。

9月，在卢瓦尔省议会的支持下，里昂各区举行了暴动，市政府被包围并被攻破。长裤汉市长夏利埃在逃亡途中被捕，不久即被处死。为了防范效忠巴黎的阿尔卑斯军团的进攻，孤注一掷的里昂市民在全城设防，构筑工事，组成了一支两万人的军队。此外，军政当局还下令收留逃亡贵族和不宣誓教士，把军队交给保王党普雷西和维里欧侯爵指挥，并与撒丁国王共同策划军事行动。

此时在地中海港口城市，马赛各区的反革命政治势力已提前联合起来。在英国间谍策划下，大肆挥舞英镑的保王党人将吉伦特派份子成功剔除出了市政厅和国民自卫军的领导岗位。很快，马赛市议会便高调宣布：任何拥护山岳派的人不受法律保护，并募集了一支军队北上支援处于巴黎共和军围攻之下的里昂。

受里昂和马赛两城叛乱的影响，土伦、图卢兹、尼姆、蒙托邦和南方的主要城市的保王党人也很快地采取了同样行动。在旺代地区，保王党贵族与不宣誓教士组织的农民叛军通过一系列军事胜利，已经完全控制本境，并企图占据边境关隘，打开通向革命的法国，以及同海峡对岸的英国取得联系的道路。

一时间，似乎整个中南部省份都在联合起来向国民公会进攻，对它施加压力。中部受着里昂军威胁，南部有马赛军压迫，西部则有4.5万旺代军分别进逼，东南部还有两万撒丁王国的皮埃蒙特军，一心想要收复被法国侵占的萨伏伊公国。

尽管兰斯法国的存在，解除了来自来自北方和普鲁士的军事威胁，使得巴黎能将注意力放到南方。然而，英国政府却在此时看到饥饿可以使巴黎和支持革命的省份陷于绝境，威斯敏斯特宫在9月之后下令英国本土舰队与地中海舰队封锁巴黎法国的所有港口，并没收驶往法国运送粮食的中立国船只。

这种情况确实使执掌法国政权的山岳派措手不及。但很快，罗伯斯庇尔、丹东与马拉等人都知道威胁他们的一切危险所在：他们要在国内镇压吉伦特派、君主立宪派、保王党人与不宣誓教士等反叛，消除几种不同性质的内战，挽回军事的失败；又要击退整个反法联军，防止巴黎民众因处境危急而惊惶失措。