嘉庆对和珅余党并没有赶尽杀绝，这也是为了稳定时局的需要——只是处理了与和珅关系最密切的几个人。命令大学士苏凌阿退休，将侍郎李潢，太仆寺卿李光降黜治罪。侍郎吴省兰被降职为编修，撤去学政、南书房行走等职，不久，吴省兰因才学突出，官复原职，嘉庆不计前嫌，对他器重，还任命他为日讲起居注官，提督湖南学政，其后吴省兰为报嘉庆之恩，兢兢业业，公务不敢有丝毫怠慢。嘉庆九年，因年老力衰，荣归故里。
吴省钦的运气就没这么好了。在白莲教起义中，四川首领王三槐被抓，王三槐口供说“官逼民反”。嘉庆意识到正是像和珅一样的贪官层层贪污索贿，才屡屡激起民变。时任都察院左都御史的吴省钦不合时宜地上奏：“请将叛军首领王三槐立即正法。另外，候补知府李基熟悉兵法，有手车火雷列卦图可供破敌之用。还有举人王云，能运用气功，以手掌击倒数人，能够做破敌之用，希望皇上试试看。”嘉庆被这道荒唐的奏折激怒，下令将吴省钦革职还乡。数年之后，吴省钦在郁郁之中死去。
有大臣上奏，和珅已故的弟弟和琳曾借和珅之位邀功。嘉庆下旨追回和琳一等公爵位，牌位撤出贤良祠。福长安也没有秋后问斩，嘉庆赐他出狱，还发回一小部分财产，以员外郎的头衔，看守乾隆的陵寝，充当供奉茶水的执事小官。其他特意谕旨：“和珅最擅长欺上瞒下，如果不立即治罪，就无法肃清吏治，整顿官场。现在和珅的罪状已经查清，案子已经了结。和珅曾经掌管很多部门，有不少人是他保举的，曾经对和珅巴结逢迎，在所不免，不再一一追究，牵连多人。现在官场弊病很多，和珅的重大罪状已经公开宣布，官员们不必借题发挥，吹毛求疵，互相攻击隐私，追究以往的细枝末节。朕惩治和珅，并不想另有株连，只希望各位臣子能够接受教训，勉励自己，以前的事情朕不再追究，各位心中也不必害怕。朝廷官员应当团结一心，为国效力，不得各结党羽了。”
国人称赞嘉庆处理和珅的手段，就连朝鲜使臣曹锡中也称赞嘉庆具智、勇、仁三德：皇上自登基以来，知道和珅不轨之心，政事却听从和珅意见，以此笼络和珅，使其骄傲大意，这就是“智”；闪电般结束了这场案子，不动声色就使得朝政焕然一新，这就是“勇”；不追究和珅的党羽，不搞株连，使得朝廷的臣子都能洗心革面，安心做官，这就是“德”。
嘉庆原来指望，扳倒和珅这个大贪，使得其他官员能够收敛，能止住全国的贪腐之风，重现经济繁荣。只可惜，大老虎打了，小老虎并不能改过自新，贪腐之风已经渗透国家的方方面面，各种权力寻租，已是明码标价。嘉庆即便焦头烂额，也无法改变制度上的腐烂渗透，清朝由“康乾盛世”走向衰弱。
和珅虽灭，但如何盖棺定论，一直是嘉庆的一个难题。
十几年后，嘉庆已经到了知天命的年纪，国使馆按例编修历史，要为前朝有名的大臣树碑立传。和珅乃前朝重臣，必须写《和珅列传》，这可难倒了史官。如果写和珅的功绩，就等于否定了嘉庆；如果写和珅的劣迹，就等于否认了乾隆。史官谁也不敢得罪，只好略去和珅的生前事情，只是记录了和珅每年的职务变动，对和珅自尽、抄家则有详细记录。嘉庆十九年，嘉庆过目《和珅列传》之后，火冒三丈，斥责这个传记功过不分，所有编纂、审查《和珅列传》的人，都要严加议处，就连国使馆正总裁董诰，也被罢免总裁一职。
国使馆只好再写，第二版的《和珅列传》吸取教训，把和珅写得罪行累累，无一优点。嘉庆看完后，批示道：和珅并非一无是处，他精明敏捷，任职三十年间做了许多事。只不过他贪婪成性，结党营私，妄自尊大，朕才加以重罚。
因此，国史馆又经过反复修改，最后有功有过，终于得到嘉庆的许可。可是，无论怎么修改，以揣度嘉庆的心理为动机，怎么也不是历史的原样了。
所以，每一部史书都只是一道谜面，谜底还需要读者自己去猜。
和珅死后不久，纪晓岚连上两道奏折，一是为已故的御史曹锡宝平反，二是为内阁学士尹壮图平反。
曹锡宝当年是弹劾刘全房屋逾制，反遭和珅陷害，只好自我认罪，于乾隆五十七年含冤死去。嘉庆查抄刘全的家，各种房屋、财产，一共折合二十万两，证明了曹锡宝弹劾刘全，句句属实。刘全因为越礼违制、诈财舞弊等罪，被判处绞刑监候，秋后处决。刘全的三个儿子刘印、刘亥和刘三儿，判决杖刑一百次，流放三千里之外。后来刘全改判发配黑龙江为奴，永不赦免；
刘全的儿子全部发往广东、福建等省，为当地驻防的兵丁为奴。嘉庆看过奏请，追思曹锡宝直言，当即发布诏谕：曹锡宝所言不虚，应当给予嘉奖，以表彰他直言相奏。现追封曹锡宝都察院正三品督察御史职务，其子曹江给予恩萌，加官晋爵。
对于当年反对议罪银的尹壮图，嘉庆发布上谕，肯定了尹壮图的上奏，道：当时尹壮图所奏，大部分是事实，但各省的官员有足够的时间转移、填补亏空，所以导致查无实据，尹壮图上奏不实的罪名是冤枉的。为此下旨：尹壮图为敢言之臣，应当立即任用，令其来京任职。尹壮图在家乡回奏：家有老母，需要奉养，不能来做官。嘉庆于是赐予他给事中的官饷，可以在家乡侍养老母。此后，尹壮图曾上奏建议清查各省普遍存在的买官卖官的潜规则，为朝廷选才时要防止漏洞等，都被嘉庆采纳。
窦光鼐的学生，原来会试头名的王以鋙，被和珅陷害，被乾隆赶回本乡读读书，取消举人资格，成为权力斗争的牺牲品。但和珅死后，他又通过考试，也进入了翰林院。
和珅死后，被发配新疆的给事中吕凤台也被平反昭雪，召回京城做官，官任太常少卿，第二年补礼部侍郎，又升为尚书，官居一品，荣耀至极。几年后，儿子吕笙考中顺天乡试，紧接着又考中进士，进入翰林院，果然像当年郝云士所测算的那样，父子都是大富大贵。而郝云士因为依附和珅，为虎作伥，陷害良臣，被罢官流放，家财抄没。郝云士被发配的地方是乌鲁木齐，正是当年吕凤台的发配地。郝夫人孤苦伶仃，带着弱智的儿子返回仪征老家，雏玉哭着送母亲到城外。命运颠倒，姻缘啼笑。
对和珅最为情深意重的，则是几个爱妾。
爱妾吴卿怜闻得和珅自尽，悲痛欲绝。她知道自己几年欢快的日子结束了，想起自己这些年来的经历，从青楼被王亶望买走，没过几年王亶望就被抄家，又被蒋锡买走，蒋锡买走后不久，就被转献和珅。她对于这样的人生本已经厌倦，不再有念想，不想一颗如古井的心被和珅唤醒，有了数年情深意切的爱情。想不到如今和珅又遭到王亶望一样的遭遇，罢了，红颜自古薄命，难逃这样的命运轮回，生又能如何，死又能如何。在闻知和珅狱中被赐自尽之后，吴卿怜写下八首诗。她觉得在人间再也难遇和珅这样的有情人了，与他到另一个世界，也许还能诗词酬唱，是对这一段无比美好的情感最好的祭奠。诗中写了自己正在梳理秀发时，大祸突然降临，圣旨驾临和府，将和珅抄家籍没。当时正是早晨，府里的人正在吃山珍海味的早餐，吓得把饭都吐出来。这使我想起前夫王亶望被抄家时的情景。回忆我刚来和府时，曾经与和珅万般恩爱……