其八，凡公侯之家，倚恃权豪，欺压良善，虚钱实契，侵夺人田地、房屋、孳畜者，初犯免罪附过，再犯住支俸给一半，三犯停其禄，四犯与庶民同罪。
其九，凡功臣之家，不得受诸人田土及朦胧投献物业，违者初犯者免罪附过，再犯住支俸给一半，三犯停其禄，四犯与庶人同罪。
这道铁榜，虽然规定得十分严密，其实也是相当客气的，朱元璋对功臣之家可能出现的各种违法犯罪情况，虽然防范甚严，但他一直小心翼翼地不直接触及功臣们自身。
【宰相胡惟庸“被谋反”】
甚至在洪武十三年的胡惟庸大案中，功臣们也被刻意回护。
胡惟庸是安徽定远人，李善长的老乡，他于龙凤二年（公元1356年）才投奔朱元璋，不过由于才干过人兼善于钻营，升迁极快。洪武六年，被朱元璋提拔为右丞相，洪武十年更进为左丞相，成为一人之下、万人之上的角色。
能力出众的人，往往毛病也出众。胡惟庸的火箭式窜升是因为他有能力，他的最终败落，也是因为他太有能力。胡惟庸这个人，性格和朱元璋很像：“为人雄爽有大略，而阴刻险鸷，众多畏之。”他和朱元璋一样，喜揽权，爱专断，做事大刀阔斧，不避锋芒：“生杀黜陟，或不奏径行。
内外诸司上封事，必先取阅。”
性格相似的人容易相克，更何况君权与相权的冲突历来是中国高层政治中一直难以处理的难题。胡惟庸案从本质上来说，是朱元璋调整君权与相权关系的必然结果。胡惟庸因为没能处理好与皇帝权力分配的关系，过于飞扬跋扈，引发了对权力异常敏感的朱元璋取消丞相制的念头，也给自己惹来了杀身之祸。洪武十三年，朱元璋以“谋反”的罪名，兴起大狱。
胡惟庸案的处理手法也是非常残酷的。曾任朱元璋帐前黄旗先锋的俞本，在永乐初年撰写的《纪事录》中，对胡惟庸党案是这样记述的：
〖是年（洪武十三年）……左丞相胡惟庸、右大夫陈宁，擅权坏法，俱伏诛于玄津桥，掘坑丈余，埋其尸，次日复出之，支解于市，纵犬食之。录其家资，以妻子分配军士，子弟悉斩之……上以应天府所属上元、江宁二县之民与胡惟庸为党，将男妇长幼悉屠之。〗
也就是说，把胡惟庸押至玄津桥斩首，埋入一个丈余深的大坑，第二天又感觉不解恨，命人将尸体挖出，在众目睽睽之下肢解，然后纵犬食之。财产则全部没收入官，妻妾分配给军士，男性后代则全部斩首。与胡惟庸关系亲密的大批官员也被处死。甚至朱元璋因为上元、江宁两县百姓与胡惟庸关系密切，居然将这两县之人，不分男女老幼，全部杀光。其凶残超出了正常人的想象，然而，对于案中牵涉的功臣，他却网开一面：以善长及陆仲亨等皆初起时腹心股肱，置不问。（《朱元璋系年要录》）胡惟庸与李善长关系十分密切。“素与太师李善长相结，以兄女妻其从子佑，自是势益炽”。胡惟庸的最初发迹，就是因为李善长的推荐。所以他对李善长感激不尽，“因相往来”，把李善长作为自己向上爬的阶梯和保护伞。他不仅将自己的侄女嫁给李善长侄子李佑，还极力帮助李善长打击非淮西籍大臣。
陆仲亨、费聚等人也是胡惟庸为了培植势力而极力拉拢的对象。吉安侯陆仲亨自陕西归，擅乘驿传，受到朱元璋的怒责。平凉侯费聚，曾经受命到苏州抚绥军民。“聚不任事，唯嗜酒色。召还，责往西北招降达达，无功，上亦责之。”这两个人都因惧怕处罚，而投靠到胡惟庸门下以求庇护。他们与胡惟庸的亲密关系，朱元璋心里十分清楚，但是在公布胡惟庸的罪状时，他只含糊地说到胡惟庸有结党之嫌，并没有牵及这三位功臣。他宣布的罪状是：“窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸欺之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷。”
非但如此，在胡惟庸被杀后，朱元璋进一步扩大与开国武将的联姻关系，“因结肺腑”，稳定功臣们的情绪。他亲自决定，聘中山王徐达次女为代王妃、三女为安王妃，信国公汤和长女与次女为鲁王妃，安陆侯吴复之女与宁河王邓愈之女为齐王妃，前军都督佥事于显之女为潭王妃，靖海侯吴忠之女为湘王妃，永昌侯蓝玉之女为蜀王妃，颍国公傅友德之女为晋世子妃，并将汝宁公主嫁给吉安侯陆仲亨之子陆贤，福清公主嫁给风翔侯张龙之子张麟，寿春公主嫁给颍国公傅友德之子傅忠，南康公主嫁给东川侯胡海之子胡观，永嘉公主嫁给武定侯郭英之子郭镇。
【撤销大都督府：军事体制重大改革】
对功臣们如此一而再再而三地退让宽容，原因是朱元璋对文臣和武将的态度、判断上都有很大区别。在他眼里，文官这类东西，比如韭菜，割不胜割，毫不值钱。不管怎么杀，都会有大批新的送上门来。但武将则不是这样。一个好的将领，是要在大阵仗中磨练出来的，可遇而不可求。他们都是大明帝国不可缺少的宝贵财富，杀掉一个少一个。事实上，在大明开国之后，几乎无年不用兵，离了他们，他根本无法继续自己的正常统治。
洪武四年正月，朱元璋命汤和为征西将军，傅友德为前将军，分兵两路伐蜀。
洪武五年，朱元璋以徐达为征虏大将军，李文忠为左副将军，冯胜为征西将军，分兵三路北征蒙古。
洪武八年，元将纳哈出进犯辽东，被大将叶旺击败。
洪武十一年四月，庆州屯田百户山丹等起义，朱元璋分遣杨仲明、沐英、王弼等镇压。
洪武十三年这个多事之秋，军事上仍然活动极为频繁。在这一年，沐英率领明军，对蒙古进行了第三次北伐。十一月，故元平章（平章为官名）乃儿不花等率数千骑入洮林口，掠永平（今河北省卢龙县）。
可见直到这一年，朱元璋仍然离不开这些老乡作他的左膀右臂。
不过，胡惟庸案中，胡氏与一些将军们的勾结，让朱元璋胆战心惊。开国之后，他第一次直接感受到军事政变的威胁。如果有那么三五个开国元勋与心险胆大的胡惟庸联合起来共同起事，他的大明江山还真有变色可能。
文官们对皇权的威胁再大，也没有武将严重。开国功臣和皇帝光屁股长大，一起分享过黄色笑话，深知对方并非什么神龙天子，不过一介村夫流氓，睡觉爱放屁磨牙，爱抠鼻孔和脚趾头。他们很难如同其他出身的臣下那样视皇帝如神明，对皇帝也难免跋扈粗率。这
些闯过重重鬼门关的家伙，都有着异乎寻常的胆量魄力和机诈权变。一旦动了染指最高权力之念，会比文官更直接，更有力，更不顾后果。一旦天下有事，他们不会放过“皇帝轮流做”的机会，所以历代皇帝们对武臣元老们无时无刻不提高警惕。
朱元璋本有多疑的毛病，凡事过分小心。长期的焦虑和强度过大的脑力劳动，使朱元璋患上了严重的心理疾病。他经常幻想也许有一天，这座宫殿被人一把火烧掉，子孙妻妾被掠去为奴作婢。一想到这些，他就浑身出冷汗。他成日里吃不下饭，睡不好觉。看见宫女太监偷偷溜他一眼，他就认为是在盘算他诅咒他；看见文武百官在殿上说话吞吞吐吐，就以为是要欺瞒他。尤其是天黑下来，一个人坐在禁城里，就揣想别人心里都在想些什么？官员们有没有私下里交通？是不是有人正在灯下密谋造反？乡里有没有人聚众拜佛烧香？
显然，在历经磨难之后，他的心理状态已经不正常了。他自述道，自己经常“夜卧不能安席，常常因为想起一件什么可能危及帝国安全的事，便一夜失眠”。成天到晚，他的心总是悬着，成天把定下的法度一遍遍从头细撸，看看有什么不安稳的。
所以在因胡惟庸案取消了丞相制之后，朱元璋又进行了一项重大军事体制改革。他于洪武十三年撤销了大都督府，改设左、右、中、前、后五军都督府，以分散中央军事机构的权力。他规定五军都督府管兵籍，但无调动军队之权，兵部掌军官升迁，但无直接指挥军队之权。
所谓“征伐则（皇帝）命将充总兵官，调卫所军领之；既旋则上所佩印，官军各回卫所”（《明史》卷八九，《兵志》），“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统军之权，而无出兵之令，合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”（《春明梦余录》）。
这样，既可防备将领擅调兵力发动叛乱，又使军权集中到皇帝手中。
诛杀胡惟庸，废除丞相，又改大都督府为五军都督府，这些都是震动全国的重大举措，在执行过程中很容易出乱子。为了防止意外事变的发生，朱元璋不得不采取了上述对功臣的一系列安抚措施。
【只有亲生儿子信得过】
朱元璋做事，总是考虑得极为长远。事实上，早在开国之初，他就盘算过制衡武将的问题，并未雨绸缪，采取了一项重要措施。
虽然朱元璋十分重视地缘，但是和血缘比起来，这种重视就不值一提了。说实在的，天下诸人，他只信得过自己的亲生儿子们。
洪武三年，虽然二子不过十六岁，三子不过十五岁，四子不过十一岁，而最小的儿子刚刚一岁，他就先于大封功臣之前封诸子为王。他在诏书中说：
〖考诸古昔帝王，既有天下，子居嫡长者必正位储贰。若其众子，则皆分茅胙土，封以王爵，盖明长幼之分，固内外之势者。朕今有子十人。前岁已立长子为皇太子。爰以今岁四月初七日，封第二子为秦王、第三子为晋王、第四子为燕王、第五子为吴王、第六子为楚王、第七子为齐王、第八子为潭王、第九子为赵王、第十子为鲁王、侄孙为靖江王，皆授以册宝，设置相傅官属。凡诸礼典，已有定制。于戏！众建藩辅，所以广盘石之安；大封土疆，所以眷亲支之厚。古今通谊，朕何敢私！〗
以诸子分驻天下要地，以“固内外之势”，“广盘石之安”，确保江山永在朱姓之手，是他在开国之前就画好的蓝图。他规定诸王的府第、服饰和军骑，下天子一等，公侯大臣见了他们都要“伏而拜谒”。法定其亲兵护卫，“少者三千人，多者至万九千人”（《明史》卷一百一十六，《诸王列传序》）。
特别是北方塞王，掌握的兵力更为雄厚。比如宁王所部“带甲八万，革车六千”，他们因此一个个实力雄厚，“连邑数十，城廓宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛”。朱元璋对自己的孩子们无限信任，他规定，遇有战事，即使元勋宿将也要听藩王节制。
对于这种安排，稍有中国政治常识的人都会看出其不妥。因为强藩必然挑战中央集权，成为帝国长治久安之隐患，外藩之乱在中国历史上出现得实在太多了。平遥县训导叶伯巨的看法十分典型，洪武九年，他上书言事，指出朱元璋“分封太侈”：
〖臣恐数世之后，尾大不掉，然则削其地而夺之权，则必生觖望，甚者缘间而起，防之无及矣。议者曰，诸王皆天子骨肉，分地虽广，立法虽侈，岂有抗衡之理？臣窃以为不然。何不现于汉、晋之事乎？孝景，高帝之孙也，七国诸王，认为帝之同祖父兄弟子孙也，一削其地，则遽构兵西向。晋之诸王，皆武帝亲子孙也，易世之后，迭相攻伐，遂成刘、石之患。由此言之，分封逾制，祸患立生，援古证今，昭昭然矣。〗
这番话入情入理，不料朱元璋见疏却勃然大怒，认为这是离间他们一家骨肉，要亲手射杀叶伯巨。经过群臣力劝，才没有亲自动手，不过叶伯巨终于为此事死在狱中。
以自己的子孙制衡天下武臣的构想虽然美好，无奈朱元璋的孩子们在开国之初都年龄太小。虽然朱元璋日夜盼望
他的孩子们尽快成长起来，然而人的成长不像庄稼，不是多施几次肥就能催起来，所以这一构想真正发挥作用，还需待以时日。在此之前，朱元璋只能耐下心来，对功臣们极尽敷衍之能事。
【大屠杀计划：为太子保驾护航】
专制制度的自私性使君权表现出强烈的排他性，这就决定了君臣关系、尤其是开国君臣关系的脆弱性。皇帝与功臣的关系，经常在昨与今、情与理、势与义中纠结冲突，酝酿出一个又一个危机。
决定历代开国功臣命运的一个重要因素，是开国皇帝的年龄。学者郑宏卫在《开国功臣归宿论》中说，皇帝登基时年龄越老，对身后事就越担心，因此就越容易对功臣们动起杀机。比如刘邦，登基时已经五十五岁，因此他开了兔死狗烹的先例，开国时所封的七个异姓王，后来大部分或诛或伐，非死即亡，“至孝惠时，唯独长沙全”。
相反，那些青壮年的登基者，则对控制功臣更有自信心。比如李世民登基时没到三十岁，刘秀不过三十一岁，而赵匡胤也不过三十四岁。因此唐太宗李世民使用功臣勋旧，并无避讳。贞观年间，事无巨细，勋臣皆得过问。唐初开国功臣，绝大多数都大权重位，各展所长，圆满地实现了自己的人生。光武帝刘秀则取消功臣实权，保全他们的厚禄。光武之世，列侯只有“高密、固始、胶东三侯”参与国事，其他人都远离权力，但光武帝对他们礼貌周到，“远方贡珍甘，必先遍赐诸侯，而太官无余”，且“每能回容，宥其小失”。至于宋太祖的“杯酒释兵权”，更人我两便，被认为人情与形势两全，历代称为高明之举。
朱元璋开国之时，已经年过四十，不过仍算年富力强，所以他才高调宣布要保全功臣。然而随着年龄增长和健康状态的恶化，朱元璋与功臣们共富贵的信心越来越低。
长期紧张的战斗生活和繁忙劳累的国事，使朱元璋的健康受到了损害。洪武初年，便“患心不宁”，害了心跳过速的病症，有时发高热，“每心火炎上，喜怒不常”。而对太子朱标能力的担心，使他在身病之外又患上了严重的心病。
虽然早就知道长子朱标性格柔弱，但是农民出身的朱元璋宗法情绪特重，对立嫡立长原则毫不动摇。早在称吴王后，他便立朱标为世子，即帝位后又马上立为太子。
为了把这个资质平庸的长子培养成合格的接班人，朱元璋费尽了心血。
洪武元年十一月，他下令在宫中建大本堂，搜集古今图籍充实其中，征聘四方名儒教授太子。朱元璋经常亲自布置太子的课程并亲自检查。洪武五年十二月，太子刚满十八岁，朱元璋即命“今后百司所奏之事，皆启皇太子知之”。洪武十年起又令天下大小事务，都要先由太子拿出处理意见，再报皇帝：“自今大小政事皆启太子处分，然后奏闻。”
然而，朱元璋的心血，并没有太多收获。所谓江山易改，本性难移，随着时间的发展，朱标的仁柔懦弱不但没有什么改进，相反在朱元璋的严格而急切的要求下，变成了木讷胆怯，做事越来越畏手畏脚，没有主意，处理事情颠三倒四，经常惹得朱元璋发火。越到老年，朱元璋越相信，这个孩子不可能成为一个雄才大略的帝王。他开始怀疑在自己身后，朱标能否驾驭这些老资格的虎狼之臣。
对老友们的友爱之情，在冷酷的权衡下，日渐消淡。朱元璋对功臣们心态的变化，从史料中的一个细节表露无遗。
洪武初年，每有功臣去世，朱元璋经常感伤不已，对他们的后事安排十分重视。比如：
〖鄂国公常遇春卒，灵车之至，朕亲临奠……痛哭而还。
大都督府同知康茂才卒于陕州……柩至龙江，上亲为文祭之。
卫国公邓愈卒……卜闻上哭之恸，召辍朝三日。〗
洪武十二年起，朱元璋为自己修建的陵园初步落成，再有功臣去世，朱元璋一般都会命他们葬到陵园边上，死后与自己万年相依。
比如洪武十二年“济宁侯顾时卒……敕葬钟山之阴”。洪武十三年，“广西都指挥使王真卒，敕归葬于钟山之阴”。洪武十四年，“江阴侯吴良卒……遣使迎丧还京，赐葬钟山之阴”。洪武十二年到洪武二十一年中，大部分功臣死后都获赐葬于钟山之阴，逐渐形成功臣陵墓拱卫孝陵之势。
但是从考古发现和文献记载来看，洪武二十一年之后，不再有功臣被赐葬钟山之阴，甚至洪武二十五年（公元1392年）朱元璋的养子黔国公沐英卒，千里迢迢从云南归葬南京，也没能葬入钟山，而是葬在江宁的观音山一带。
这一细节显示此时的朱元璋心中，对老友故旧的友爱和信任已经消失殆尽。将军们日常表现中的小小不谨不敬，在朱元璋的特殊心态中都被放大成了叛逆的苗头。胡惟庸案更让他对这些无论怎么教育提醒都改不了粗野本性的将军们大为担心。他对开国元勋们的一切都越来越看不顺眼：“此等愚夫，不学无术，勇而无礼，或闲中侍坐，或饮宴之间，将以朕为无知，巧言肆侮，凡所动作，悉无臣礼。”甚至对他们的亡魂也生了提防和厌恶之心。
一个大屠杀计划，在朱元璋心中慢慢形成。他决定在自己生前，亲手将他稍有不放心的将军全部除掉，以便留给朱标一个万世无虞的铁打江山。
不过，虽然杀心已起，朱元璋还是尽力隐忍。他是一个极为耐心的猎手，不到时机完全成熟，他不会动手。
【儿子长大，时机成熟】
洪武二十三年（公元1390年）初，大明帝国内发生了一件极为重要的事，不过当时注意到这一点的人很少。
这一年元旦刚过不久，分别驻守北平和太原的燕王朱棣和晋王朱棡（gāng）受朱元璋之命，分头出兵，合击蒙古草原上的蒙元丞相咬住（咬住是人名）和平章乃儿不花大军。
蒙古军队一直是大明帝国的心腹大患，他们不甘仓皇北逃之命运，时时窥伺中原情形，经常南下骚扰。这一次，朱元璋命自己的孩子们先发制人。
这一年朱棣正好三十岁，所谓而立之年，而朱棡则三十二岁。两位王子封藩多年，拥兵甚众，此次都是初试啼声。