由于孔有德带来了后金急需的舰队、红夷大炮及匠人，所以皇太极对他们的投降极为重视，亲率诸贝勒出盛京十里迎接，并使用女真人最隆重的“抱见礼”相待，仍以他为都元帅，安置东京，自成一军，称“天佑兵”，给予特殊待遇，随后便引后金兵攻占黄龙所在之旅顺。

崇祯九年大清帝国成立之际，孔有德受封恭顺王，并且作为汉官代表劝进。同年冬，孔有德等三顺王充当了清军的急先锋，带领6千清军攻打朝鲜，迫使朝鲜投降清朝，使明朝失去了可靠的邻国和在东面牵制清军南下的重要力量。在以后清朝对明战争中，孔有德也大多参与其中，立下汗马功劳。

顺治元年，清军入关后，孔有德随多铎追剿李自成及南明武装力量，镇压了江南各地的抗清斗争。凯旋后还驻辽阳。

顺治三年授平南大将军，进攻南明永历政权，从此孔有德开始单独统兵。他占领了湖南地区，但在桂林被瞿式耜等打败。顺治五年六月至武昌候旨换防，其间金声桓、李成栋反清，各地清军向孔有德求救，孔有德却不发一兵一卒。

孔有德班师回京后，南方局势趋于稳定，清廷又打算调三顺王南征，起初决定以孔有德守福建，尚可喜平广西，但尚可喜认为广西地处偏僻，情况复杂，有意推辞，这时孔有德“毅然以粤西为请”，于是清廷予以批准，改封他为定南王，率军二万出征广西，并携家镇守。

顺治七年十一月，孔有德率清军破桂林，俘虏南明重臣张同敞、瞿式耜及靖江王朱亨等，孔有德住进了靖江王府，改为定南王府。起初孔有德对待他们如座上宾，后因截获瞿式耜暗约焦琏攻城的密檄，便将瞿、张二人处死于桂林风洞山仙鹤岭下，靖江王朱亨则在西门外民房中被缢死。

孔有德在随后一年时间中几乎占领了广西全境，但表面风光的背后却是强弩之末。顺治九年，西宁王李定国率东路军收复湖南大部，并南下广西，直趋桂林。

六月，清定南王孔有德亲自率军前往兴安县严关，扼险拒守，明军以象阵大破清军，取得严关之战的胜利。孔有德狼狈奔回桂林，下令紧闭城门，惶惶不可终日。

李定国乘胜追至桂林，将城包围。七月初四，明军登云梯攻城，孔有德额头已中一箭，他自知走投无路，便令其妻妾上吊自杀，自己在王府纵火，北向再拜，自刎而死。其子孔廷训逃跑过程中被明军俘获，仅有一女孔四贞逃脱。

顺治帝听说孔有德死讯后，赐谥号武壮，两年后孔四贞奉其父遗骸还京，顺治帝命三品以上大臣郊迎，给予厚葬。孔有德之子孔廷训在顺治十五年被李定国下令处斩，孔有德绝嗣，女儿孔四贞则被孝庄太后收为养女。